El conversor en cuestión se llama ffmpeg, y su instalación, configuración y uso tiene una dificultad nula en comparación con su enorme potencial.

Lo primero de todo es instalarlo. Yo lo hice desde una debian lenny, y la manera de hacerlo es la siguiente: apt-get install ffmpeg. como veréis, seguramente pida alguna que otra dependencia, no hay problemas siempre que no nos desinstale nada crítico o haga algún “apaño” no deseado. En mi caso fue:

debian:/home/alberto# apt-get install ffmpeg Leyendo lista de paquetes… Hecho Creando árbol de dependencias Leyendo la información de estado… Hecho Se instalarán los siguientes paquetes extras: libavcodec51 libavdevice52 libavformat52 libavutil49 libfaad0 libgif4 libimlib2 libswscale0 libungif4g Se instalarán los siguientes paquetes NUEVOS: ffmpeg libavcodec51 libavdevice52 libavformat52 libavutil49 libfaad0 libgif4 libimlib2 libswscale0 libungif4g 0 actualizados, 10 se instalarán, 0 para eliminar y 420 no actualizados. Necesito descargar 2780kB de archivos. After this operation, 6947kB of additional disk space will be used. ¿Desea continuar [S/n]?

Una vez instalado ffmpeg, su uso es bastante sencillo. Lo primero de todo, y como buena costumbre, veamos su manual de ayuda: man ffmpeg

debian:/home/alberto$man ffmpeg

Como vemos en la ayuda, la sintáxis básica es:

ffmpeg -i archiv_original.extensión archivo_final.extensión

Aunque existen multitud de opciones para controlar, los ratios de compresión, resolución …, en definitiva, el peso y calidad del resultado, por ejemplo:

ffmpeg -i video.wmv -ab 56 -ar 22050 -r 15 -s 320×240 video.flv

De este modo, pasamos de .wmv a .flv con algunas opciones:

-ab: ratio de audio en (bit/s).
-ar: frecuencia del audio.
-r: framerate (Hz).
-s: tamaño y de la resolución.

A modo de resumen, os dejo algunas ordenes básicas de algunos ejemplos con ffmpeg:

FORMATOS DE AUDIO:

.wma a mp3:
ffmpeg -i audio.wma -f mp3 -ab 192 audio.mp3
El bitrate del MP3 en este ejemplo es 192dit/s.

De .mp3 a .amr:
ffmpeg -i audio.mp3 -acodec amr_nb -ar 8000 -ac 1 -ab 32 audio.amr

De .mpeg a .mp3:
ffmpeg -i video.mpg -f mp3 audio.mp3
Extrae el audio de un fichero MPEG y lo pasa a MP3.

FORMATOS DE VIDEO:

De .avi a .flv:
ffmpeg -i video.avi -acodec mp3 -ar 11025 video.flv

De .avi a .vcd:
ffmpeg -i video.avi -target pal-vcd video.mpg
Añadiendo la opción -hq usa alta calidad.

De .mpeg a .flv:
ffmpeg -i video.mpg -vcodec flv -y video.flv

De .flv a .mpeg:
ffmpeg -i video.flv video.mpeg

De -flv a -avi:
ffmpeg -i video.flv video.avi

En ocasiones, para manipular archivos .ogg, .ogv quizás necesitaremos usar Memcoder.

Con esto ya podemos convertir cualquier formato de audio/video para nuestro reproductor flash

Seguramente me quedan multitud de posibles convinaciones, pero estas son las más comunes, si alguien desea aportar alguna conversión más o alguna opción…

Fuente: http://albertux.es/2008/05/30/ffmpeg-convertir-formatos-en-linux/